Franciszek przybył do Instytutu w towarzystwie prezydenta Izraela Szymona Peresa, premiera Benjamina Netanijahu, rabina Meira Laua oraz dyrektora Yad Vashem Awnera Szalewa. Papieżowi towarzyszył sekretarz stanu Stolicy Apostolskiej, kard. Piero Parolin.

Chór Ankor odśpiewał pieśń do słów wiersza pochodzącej z Budapesztu Żydówki, która została zamordowana przez nazistów w 1944 r., Chany Szenes pt. „Spacer do Cezarei”.

Papież podszedł do miejsca „wiecznego ognia” w Sali Pamięci, złożył wieniec z żółto-białych kwiatów, skłonił głowę i przez chwilę zatopił się w modlitwie. Przy składaniu wieńca papieżowi towarzyszyła Ewa Kołodkina, uczennica siódmej klasy z katolickiej szkoły w Jaffie i Huy Nguyen Hoang, uczeń dziewiątej klasy z liceum w Tel Awiwie.

Odczytano fragment listu Idy Goldish zamordowanej czasie Holokaustu we Włoszech. W przejmującej ciszy jaka zapadła w Sali Pamięci kantor Aszer Hainowitz odśpiewał żydowską modlitwę za zmarłych „El Maleh Rahamim”.

Po modlitwie Franciszek podszedł do osób, które przeżyły Holokaust. Papież ściskał ich dłonie i krótko z nimi rozmawiał. Było to czterech mężczyzn i dwie kobiety: Avraham Harshalom, Chava Shik, Joseph Gottdenker, Moshe Ha-Elion, Eliezer Grynfeld i Sonia Tunik-Geron. Papież całował dłonie kobiet.

Następnie Franciszek wygłosił medytację. "Kto ciebie zaraził pychą stania się panem dobra i zła? Kto cię przekonał, że jesteś bogiem? Nie tylko torturowałeś i zabijałeś swoich braci, ale złożyłeś ich w ofierze dla samego siebie, ponieważ ustanowiłeś siebie bogiem. Także Mnie, twego Stwórcę chciałeś zabić jako ofiarę na swą cześć" – mówił papież i modlił się:„Daj nam łaskę, byśmy wstydzili się tego, co jako ludzie, jesteśmy w stanie uczynić, wstydzili się tego skrajnego bałwochwalstwa, wzgardzenia i zniszczenia naszego ciała, które z mułu uczyniłeś, które ożywiłeś tchnieniem życia. Nigdy więcej, Panie, nigdy więcej!"

Papież wpisał się do księgi gości Yad Vashem. Dyrektor Instytutu Szalew podarował Franciszkowie kopię obrazu pt. “Modlitwa” autorstwa Abramka Koplowicza z łódzkiego getta. Abramek zginął w niemieckim obozie koncentracyjnym w Auschwitz, w wieku 14 lat.

Na zakończenie wizyty chór odśpiewał modlitwę Mi Ha’Ish.

Instytut Pamięci Męczenników i Bohaterów Holocaustu Yad Vashem jest poświęcony żydowskim ofiarom Holokaustu i tym, którzy ratowali Żydów w czasie II wojny światowej. Powstał w 1953 r. w Jerozolimie. Na jego terenie znajduje się m.in. Ogród Sprawiedliwych wśród Narodów Świata i ściana, na której wyryto nazwiska 22 tys. osób, które podczas II wojny światowej ratowały Żydów od Zagłady. Najliczniejszą grupę narodowościową spośród odznaczonych stanowią Polacy (ponad 6 tys. osób).