Po II wojnie światowej władze komunistyczne zabraniały wszelkiego niezależnego zrzeszania się. Jedynie Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży Męskiej Archidiecezji Poznańskiej i Krakowskiej zdołały się zarejestrować. Stało się tak wskutek swoistego "niedopatrzenia" władz administracyjnych. Jednak już Katolickiemu Stowarzyszeniu Młodzieży Żeńskiej nie udało się nigdzie wznowić legalnej działalności (powołano ruch nieformalny, który działał jak stowarzyszenie).
Kiedy kardynałowie A. Hlond i A. Sapieha wystosowali list do prezydenta B. Bieruta w sprawie szykanowania młodzieży katolickiej, ten odpowiedział:
"... Przynależność do społecznych organizacji pozarządowych, opartych na obowiązujących przepisach jest całkowicie dobrowolną i żaden przymus nie może być w tym kierunku stosowany".
Taka odpowiedź była dowodem na zakłamanie władz i ich niechęć w stosunku do Kościoła katolickiego. Likwidacji ulegał cały szereg instytucji katolickich. Ich działalność na terenie szkoły była zabroniona, a młodzież należąca do nich poza szkołą była represjonowana.
Dekret z dnia 5 sierpnia 1945 r. O zmianie niektórych przepisów prawa o stowarzyszeniach poddawał temu prawu organizacje kościelne, a co za tym idzie wprowadzał kontrolę i ingerencję czynników państwowych i politycznych w życie Kościoła.
W ten sposób uzależniono byt prawny stowarzyszeń i organizacji kościelnych od terminowego złożenia statutów i dopełnienia różnych formalności rejestracyjnych, choć istniały one prawnie już od wielu wieków. Na to Kościół nie mógł się zgodzić.
W tej sytuacji dalsza działalność Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży stała się bezcelowa, a w dodatku narażała swych członków na poważne sankcje ze strony władzy państwowej. Kilku członków KSM-u zginęło w niewyjaśnionych okolicznościach, a wielu odsiadywało wyroki w więzieniach. Wskutek tak surowych represji władz, 7 lutego 1953 r. rozwiązano zarówno stowarzyszenie, jak i wszelkie ruchy nieformalne z nim związane. Mimo rozwiązania organizacji spotkania KSM-owiczów obywały się nadal, lecz nieoficjalnie. Prowadził je m.in. kard. Karol Wojtyła, wcześniejszy asystent KSMM w Niegowici, a następnie w parafii św. Floriana w Krakowie.
Nietrudno zrozumieć logikę postępowania ówczesnych władz. Kroki podjęte w tamtym czasie wobec Kościoła można było interpretować jako celowe niszczenie wielowiekowej, rodzimej kultury Polski. Nowa władza nie chciała mieć (z przyczyn ideowych) z tą tradycją nic wspólnego.
Przełom lat 80. i 90. XX wieku przyniósł Europie Wschodniej, w tym i Polsce, wiele zmian politycznych, gospodarczych i społecznych. Zmiany te spowodowały odwrócenie sytuacji Kościoła i otworzyły nowe możliwości działań. Wśród nich znalazła się także działalność Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży.
Inicjatorem reaktywowania Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży był ks. prałat Antoni Sołtysik, proboszcz parafii św. Mikołaja w Krakowie, diecezjalny duszpasterz młodzieży.
W 1990 r. w schronisku młodzieżowym na Śnieżnicy odbyło się pierwsze spotkanie inicjujące KSM. Wzięło w nim udział kilkudziesięciu księży i młodzież z całej Polski.
10 października 1990 r. Konferencja Episkopatu Polski wydała dekret powołujący Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży do życia jako organizację ogólnopolską, nadając jej kościelną osobowość prawną. 30 kwietnia 1993 r. biskupi zatwierdzili Statut KSM.
Rozporządzeniem Ministra - Szefa Urzędu Rady Ministrów z 23 czerwca 1993 r. Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży otrzymało (cywilną) osobowość prawną, jako stowarzyszenie ogólnopolskie.
KSM istnieje prawie we wszystkich diecezjach. Liczy ok. 17 tys. członków zrzeszonych w ok. 1000 oddziałów i kół środowiskowych.
W październiku 2000 r. minęła dziesiąta rocznica reaktywowania Stowarzyszenia. Uroczyście obchodzono ją na Jasnej Górze. Na to spotkanie przybyło 6 tys. KSM-owiczów z całej Polski.
Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży cieszy się poparciem władz Kościoła, władz państwowych i wielką ofiarnością księży asystentów. Wciąż wzrasta liczba zaangażowanych młodych ludzi, mimo że zasady etyczne, wymagane od członków KSM-u, stanowią pewne kryterium selekcyjne w naborze nowych osób.