Rozwiązania przyjęte w polskim konkordacie są zgodne ze standardami współczesnych państw demokratycznych, gdzie sfera wolności religijnej uznawana jest za podstawowe prawo człowieka. Konkordat reguluje miejsce Kościoła w życiu publicznym i relacje z państwem, tak aby Kościół nie dyktował swych warunków państwu, a państwo Kościołowi. Obowiązuje zasada rozdziału w formie autonomii obu społeczności. Podobne rozwiązania prawne obowiązują w zdecydowanej większości państw Unii Europejskiej.

Polski konkordat był pierwszą umową państwa postkomunistycznego ze Stolicą Apostolską. Rzeczpospolita Polska podpisując Konkordat po odzyskaniu suwerenności powróciła do grona liczących się demokracji - szanujących wolność religijną - i starających się tak ułożyć relacje z Kościołem, aby gwarantowały one pokój społeczny i stwarzały wysoką ochronę praw obywatelskich.

Wyraz dalekowzroczności polskich elit politycznych

Konkordat był też wyrazem dalekowzroczności myślenia ówczesnych polskich elit politycznych, które były przekonane, że prawidłowe ułożenie relacji z Kościołem oraz zgodne ze standardami współczesnych demokracji zdefiniowanie miejsca religii w przestrzeni publicznej - jest sprawą dużej wagi, wymagającą specjalnych regulacji. Rządziła wówczas koalicja Unii Wolności, Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego i kilku innych partii, a premierem była Hanna Suchocka z UW.

Po upadu rządu Suchockiej, w październiku 1993 r. władzę przejęła postkomunistyczna lewica, która przez 5 lat blokowała ratyfikację tego dokumentu. Konkordat wszedł w życie na początku 1998 r. po zwycięstwie Akcji Wyborczej Solidarność. Wcześniej jego najważniejsze postanowienia – regulujące ustrojowe zasady w sferze wyznaniowej - zostały inkorporowane do Konstytucji z 1997 r.

Rozdział Kościoła i państwa (zasada wzajemnej autonomii)

Zasadniczą ideą Konkordatu jest zasada „wzajemnej niezależności i autonomii” sfery kościelnej i politycznej. Oznacza to rozdział Kościoła od państwa, ale w takiej formie, która obu podmiotom umożliwia współpracę dla dobra obywateli. Zarówno państwo polskie jak i Kościół zobowiązują się w Konkordacie do "pełnego poszanowania tej zasady we wzajemnych stosunkach i we współdziałaniu dla rozwoju człowieka i dobra wspólnego".

W literaturze przedmiotu taka forma rozdziału Kościoła i państwa definiowana jest jako „rozdział przyjazny”, w odróżnieniu od „radykalnej separacji” znanej np. z terenu francuskiego. Radykalny rozdział oznacza m. in. że żadne znaki, symbole czy ceremonie religijne nie mogą mieć miejsca w przestrzeni publicznej, lecz wyłącznie na terenie ściśle sakralnym. A świeckość państwa jest tam rozumiana jako nieobecność w sferze publicznej jakichkolwiek elementów religijnych.

Natomiast w modelu przyjętym w Polsce - jak i w większości państw europejskich - świeckość definiowana jest jako bezstronność państwa w kwestiach religijnych i światopoglądowych. Państwo nie narzuca ani nie preferuje żadnej ideologii (religijnej bądź świeckiej), a wybór w tych sprawach należy do obywateli. Obywatele w duchu wyznawanych wartości mają prawo wychowywać swoje dzieci, co państwo winno uszanować, a nie narzucać im innego systemu myślenia. Sfera religijna i świecka traktowane są jako komplementarne, zdolne do harmonijnego współistnienia, a nie jako wykluczające się i wymagające radykalnego rozdziału.

Inne postanowienia umowy konkordatowej ze Stolicą Apostolską:

1. W zakresie autonomii Kościoła

- Konkordat uznaje osobowość prawną struktur Kościoła katolickiego, respektując prawo kierowania się przezeń swym wewnętrznym prawem kanonicznym. Przyznaje też Kościołowi prawo do obsadzania wszystkich urzędów kościelnych, poczynając od biskupów bez uprzedniej zgody władzy świeckiej na jakimkolwiek szczeblu.

- Konkordat gwarantuje Kościołowi nieskrępowaną możliwość kontaktów ze swym ośrodkiem zwierzchnim, jakim jest Stolica Apostolska oraz z innymi konferencjami biskupimi za granicą. Potwierdza obecność w Polsce stałego przedstawiciela Stolicy Apostolskiej w osobie Nuncjusza.

- Wprowadza uznawanie skutków cywilnych małżeństwa sakramentalnego – tzw. małżeństwa konkordatowe.

2. W zakresie duszpasterskim

- Gwarantuje Kościołowi swobodę w organizacji kultu publicznego jak również nienaruszalność cmentarzy katolickich.

- Gwarantuje prawo do organizacji opieki duszpasterskiej w szpitalach, zakładach opieki społecznej, więzieniach oraz istnienie duszpasterstwa wojskowego (ordynariat polowy).

- Dzieciom i młodzieży przebywającym na wypoczynku gwarantuje możliwość udziału w praktykach religijnych.

- Gwarantuje dzień wolny od pracy w największe święta kościelne.

3. W sferze edukacji

- Gwarantuje prawo do prowadzenia przez Kościół własnych szkół, w tym wyższych oraz seminariów duchownych. Stanowi, że Papieski Uniwersytet w Krakowie oraz Katolicki Uniwersytet Lubelski są dotowane przez państwo.

- Uznając prawo rodziców do wychowywania dzieci gwarantuje naukę religii (na zasadzie dobrowolności) w szkołach i przedszkolach prowadzonych przez administrację państwową i samorządową.

- Gwarantuje Kościołowi posiadanie własnych środków przekazu jak i emitowanie swych programów w publicznej radiofonii i telewizji.

Umowa korzystna dla państwa

Konkordat jest korzystny nie tylko dla Kościoła i ludzi wierzących, ale i dla państwa. Pomimo przyznania Kościołowi prawa do kierowania się prawem kanonicznym, Kościół zobowiązuje się do przestrzegania w pełni prawa polskiego. W związku z tym poszczególne artykuły Konkordatu w większości wypadków zawierają odniesienia do prawa polskiego . A dotyczy to wszelkich działań Kościoła, poczynając od sprawowania kultu w miejscach publicznych, a kończąc na działalności gospodarczej. A jeśli wymaga tego ochrona zdrowia, życia lub mienia, władza publiczna ma prawo do podjęcia niezbędnych działań na terenie należącym do Kościoła, bez konieczności powiadamiania o tym władzy kościelnej.

Konkordat stanowi ponadto, że wszyscy biskupi sprawujący jurysdykcję na terenie Rzeczypospolitej Polskiej (poza legatem papieskim) będą obywatelami polskimi a żaden biskup należący do Konferencji Episkopatu Polski nie będzie jednocześnie członkiem innej konferencji biskupiej. Żadna część terytorium polskiego nie będzie włączona do diecezji lub prowincji kościelnej mającej stolicę poza granicami Polski. Żadna też diecezja leżąca na terenie innego państwa nie będzie podlegać jurysdykcji jakiejkolwiek polskiej metropolii kościelnej.

Szanując zagwarantowaną w Konkordacie autonomię państwa, Kościół i jego urzędowi przedstawiciele (duchowieństwo) nie pretendują do udziału we władzach świeckich, rezygnując np. z biernego prawa wyborczego, nie biorą też udziału w działalności politycznej. Dobrowolnie więc rezygnują z części swych praw obywatelskich, aby w pełni została zagwarantowana autonomia sfery świeckiej i kościelnej.

Szczególną wartością polskiego Konkordatu jest to, że nie uprzywilejowuje żadnego Kościoła zgodnie z zasadą równouprawnienia Kościołów i innych związków wyznaniowych, ale stwarza dla demokratycznego państwa zobowiązanie do rozszerzenia na inne Kościoły gwarancji jakie zostały przyznane Kościołowi katolickiemu. Zostało to uczynione w formie specjalnych ustaw, które w ślad za Konkordatem z Kościołem katolickim, przyznawały analogiczne uprawnienia innych związkom wyznaniowym.

Brak regulacji finansowych

Polski Konkordat – w przeciwieństwie do wielu innych – nie uregulował kwestii finasowania Kościoła. Tu trzeba przypomnieć, że w wielu krajach obowiązuje np. podatek kościelny lub wiele innych form ekonomicznego wspierania Kościoła (Kościołów) przez państwo. W Niemczech, Austrii czy Szwajcarii są to obowiązkowe „podatki kościele” ściągane obowiązkowo od wszystkich wiernych przez państwowy system fiskalny. W Niemczech wysokość tego podatku wynosi 8 – 9 % zobowiązania podatkowego. Z kolei we Włoszech, Hiszpanii, Portugalii i na Węgrzech obowiązuje dobrowolny odpis podatkowy na wybrany Kościół w wysokości od 0, 7 % do 1 %. W Danii, Republice Czeskiej i na Słowacji duchowni otrzymują pensje z budżetu państwa. Tymczasem w Polsce Kościół utrzymuje się z ofiar wiernych przy niewielkiej pomocy państwa, analogicznej jaką mogą otrzymać organizacje pozarządowe.

Do dziś nie został zrealizowany artykuł 22 pkt. 2 Konkordatu stanowiący, że „Przyjmując za punkt wyjścia w sprawach finansowych instytucji i dóbr kościelnych oraz duchowieństwa, obowiązujące ustawodawstwo polskie i przepisy kościelne, układające się strony stworzą specjalną komisję, która zajmie się koniecznymi zmianami. Nowa regulacja uwzględni potrzeby Kościoła biorąc pod uwagę jego misję i dotychczasową praktykę życia kościelnego w Polsce”.

Negocjacje na temat regulacji systemu finansowania Kościoła katolickiego rozpoczęły się dopiero w 2012 r. na forum Komisji Konkordatowych, rządowej i kościelnej. Strona kościelna zaproponowała likwidację archaicznego, będącego spuścizną komunizmu Funduszu Kościelnego oraz wprowadzenie na jego miejsce dobrowolnego odpisu podatkowego od osób fizycznych na rzecz wybranego związku religijnego w wysokości 0, 5 – 0, 8 procenta zobowiązania PIT. Toczące się negocjacje zostały przerwane. Na skutek tego państwo polskie - jako jedno z nielicznych w Europie - nie ma wypracowanego, spójnego systemu finansowania Kościołów i innych związków religijnych.