Krakowskie milenium powiązane zostało z tradycyjnym odpustem ku czci św. Stanisława Biskupa. Podobnie jak w przypadku Gniezna i Poznania, władze państwowe i samorządowe postanowiły "dokuczyć" Kościołowi.

Zaczęło się od tego, że Prezydia Dzielnicowych Rad Narodowych odmówiły krakowskim parafiom wydania pozwoleń na procesyjne udanie się do katedry na Wawelu. Abp Wojtyła przewidywał znaczną liczbę uczestników.

Na wspomnianym już spotkaniu z władzami miejskimi zaproponował więc przeniesienie części uroczystości do Bazyliki Mariackiej. Prezydium domagało się jednak, by było tylko jedno miejsce: Wawel. Kiedy zatem Metropolita Krakowski podporządkował się temu żądaniu, zaczęto "czepiać się" abp. Wojtyły w imię ochrony zabytków. 6 maja, dosłownie z godziny na godzinę, wymyślano nowy pretekst. Najpierw zaprotestował dyrektor Państwowego Zbioru Sztuki na Wawelu, który wyraził obawy, że wielka liczba ludzi zaszkodzi wawelskiemu wzgórzu. Trudno mu było dyskutować z odpowiedzią Metropolity Krakowskiego. Potem listownie wątpliwości odnośnie do wzniesionego przy katedrze podium zgłosiło Kierownictwo Odnowienia Zamku Królewskiego. Tym razem odpowiedź abp. Karola Wojtyły, informująca, że podium stoi na terenie kościelnym, i zapewniająca, iż jego konstrukcja nie naruszy zabytku, nie zadowoliła. W tej sprawie abp Wojtyła telefonicznie został wezwany do Prezydium. Księdzu Kanclerzowi, który udał się w jego imieniu, nakazano przerwanie prac przy stawianiu podium i rozebranie go.

To wszystko działo się na dwa dni przed głównymi uroczystościami, w dniu przybycia do Krakowa Obrazu Matki Bożej. Wszystko po to, by storpedować ich przebieg, zmusić do zmian w programie, wprowadzić zamęt, a przede wszystkim zdenerwować abp. Wojtyłę. To jednak była zaledwie przygrywka do tego, co miało się wydarzyć tego samego dnia wieczorem. Mianowicie milicja zmieniła zapowiadaną od tygodnia trasę przejazdu samochodu-kaplicy z Obrazem. Winą za zaistniałą sytuację władze wojewódzkie próbowały, wbrew faktom, obciążyć abp. Wojtyłę, sugerując, że nie zgłosił trasy przejazdu do "organów publiczno-porządkowych" . A fakty były takie: podczas spotkania 30 kwietnia z władzami różnych szczebli jedną z dominujących spraw był problem trasy przejazdu. Ustalano wiele szczegółów. Na żądanie przedstawicieli władz Metropolita Krakowski dokonał korekt w przygotowanym przez stronę kościelną projekcie trasy. Władze znały zatem trasę, jej przebieg był zgodny z ich oczekiwaniami. Potem nagle zmieniono przebieg trasy tylko po to, żeby uniemożliwić spotkanie tłumom ludzi zebranych na ulicach Krakowa. Nic zatem dziwnego, że kard. Stefan Wyszyński, który tego dnia wieczorem przyjechał do Krakowa, stwierdził w swoich zapiskach:

Ogromne rozgoryczenie krakowian, którzy czekali na ustalonej trasie (...) Wszyscy są oburzeni. Złośliwość władz administracyjnych idzie daleko.

Następnego dnia na Wawelu, w skarbcu katedry, odbyła się sesja historyczna poświęcona wkładowi archidiecezji krakowskiej w tysiącletnie dzieje Kościoła w Polsce. Po południu niektórzy biskupi odprawiali Msze św. w kościołach parafialnych Krakowa. Ksiądz Prymas był w kościele Mariackim. W niedzielę odbyła się tradycyjna, uroczysta procesja do kościoła na Skałce, gdzie odprawiona została Msza św.

Jak zwykle władze zorganizowały w tym samym czasie uroczystości państwowe, na które przybył sam premier Józef Cyrankiewicz.

Uczestników obu uroczystości, państwowej i kościelnej, opisał w swym dzienniku Prymas Tysiąclecia.

O pierwszych tak pisał:

Ulicami ciągnęli jak niewolnicy, niosąc prowokacyjne napisy pełne aluzji do Orędzia. "Nie przebaczymy, nie zapomnimy", " Polska nigdy nie będzie przedmurzem cudzych spraw" - i tym podobne. Wszyscy ci ludzie ciągnęli wzdłuż rezydencji (Arcybiskupa krakowskiego - przyp. ks. AJ), na plac Rynkowy. Było czerwono, ale więcej sztandarów i transparentów, niż ludzi. Ludzi szli bez zapału, niektórzy czytali gazety, inni jedli, palili papierosy lub też bawili się. Grupa akademików zaczęła śpiewać: "Sto lat" przed domem arcybiskupim i krzyczeć: " Niech żyją". Nie znać było zainteresowania, ani zajęcia sprawą. " Odrabiali" zadanie. I o tych drugich, wśród których było sporo takich, którzy po "odrobieniu" zadania udali się na uroczystości kościelne:

Młodzież mówiła, że ufa Kościołowi. (...) Cały Kraków śpiewa uparcie: "Ojczyznę wolną racz nam wrócić, Panie. (...)

Procesja odbywa się wolno, z uwagi na wielki tłok ludzi ( ...). Ludzie manifestują swoje zaufanie do napastowanej hierarchii i Prymasa. Chmury kwiatów sypią się z balkonów (...) Entuzjazm jest tak samorzutny i szczery, że trudno go tłumić.

Trudno się kusić o opisanie postawy ludności. Mężczyźni płaczą. Wszyscy wyciągają ręce do obrazu Matki Bożej i krzyczą, krzyczą, jakby wołali o ratunek.