Przyznany został ponad rok temu i przyjęty przez Ojca Świętego Jana Pawła II 20 lutego 2005 r. Ze względu na chorobę, wręczenie było przesuwane na późniejszy czas. Jednak śmierć 2 kwietnia uniemożliwiła wręczenie tego tytułu osobiście Ojcu Świętemu.
Dlatego władze uczelni postanowiły, by uroczyste ogłoszenie przyjęcia przez Jana Pawła II tytułu doktora honoris causa odbyło się w 1. rocznicę wyrażenia zgody na przyjęcie - 20 lutego 2006 r. Dyplom odebrał osobisty sekretarz Papieża abp Stanisław Dziwisz, obecny metropolita krakowski.
Mszą św. w kościele akademickim pw. św. Jadwigi Królowej rozpoczęto uroczystość, która zgromadziła rektorów, Senat, posłów, władze samorządowe oraz wielu gości. Bp Kazimierz Górny przewodniczący Eucharystii modlił się z kapłanami oraz wiernymi o rychłą beatyfikację sługi Bożego Jana Pawła II. Ordynariusz Rzeszowski zachęcał uczestników spotkania liturgicznego do przypomnienia wielkiego programu Ojca Świętego i jego realizacji.
Po Mszy św. rozpoczęło się nadzwyczajne posiedzenie Senatu w auli uniwersyteckiej. Chór zaintonował Bogurodzicę, następnie prof. dr hab. Włodzimierz Bonusiak, rektor UR w ciepłych i serdecznych słowach powitał gości i otworzył posiedzenie. Wśród licznego grona zaproszonych przybyli m. in.: kard. Marian Jaworski, metropolita lwowski, przewodniczący Konferencji Episkopatu Ukrainy; abp Józef Michalik, metropolita przemyski, przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski; abp Jan Martyniak, metropolita przemysko-warszawski Kościoła greckokatolickiego; biskup tarnowski Wiktor Skworc; biskup sandomierski Andrzej Dzięga, biskup polowy WP Tadeusz Płoski; biskup rzeszowski Kazimierz Górny oraz biskupi pomocniczy z Sandomierza, z Przemyśla i bp Edward Białogłowski z Rzeszowa. Diecezję zamojsko-lubaczowską reprezentowali księża prałaci. Licznie uczestniczyli księża z diecezji rzeszowskiej.
Rektor UR powitał posłów, na czele z eurodeputowanym dr. inż. Mieczysławem Janowskim, władze rządowe na czele z Ewą Draus, wojewodą rzeszowskim, władze samorządowe na czele z Leszkiem Deptułą, marszałkiem województwa podkarpackiego i Tadeuszem Ferencem, prezydentem Miasta Rzeszów.
Tradycją w czasie ogłaszania tytułu doktora honoris causa jest laudacja, którą wygłosił ks. prof. dr hab. Stanisław Nabywaniec, dyrektor Instytutu Historii UR. Ksiądz Profesor przedstawił okoliczności przyznania tytułu Janowi Pawłowi II oraz wydarzenia, które przeszkodziły w dokonaniu wręczenia odznaczenia. Następnie ukazał powód tego najwyższego odznaczenia uniwersyteckiego, przez które Uniwersytet Rzeszowski „chciał spłacić dług wdzięczności”. Za słowa Ojca Świętego: „Uniwersytecie, służ Prawdzie, służąc Prawdzie, służysz człowiekowi” oraz za całe nauczanie. „Jednocześnie dziękujemy jako Podkarpacie za dwie pielgrzymki: w 1991 r. i 1997 r. oraz za świętych i błogosławionych naszej ziemi, za utworzenie w 1992 r. dwóch prowincji kościelnych - metropolii przemyskiej obrządku łacińskiego i metropolii przemysko-warszawskiej obrządku greckokatolickiego, za utworzenie diecezji rzeszowskiej i zamojsko-lubaczowskiej. Uniwersytet Rzeszowski dziękuje natomiast za to, że Ojciec Święty zauważył w 2001 r. jego powstanie”.
Po wygłoszonej laudacji Rektor poprosił ks. prof. St. Nabywańca oraz dziekana Wydziału Socjologiczno-Historycznego prof. Aleksandra Bobko o przekazanie dokumentu abp. Stanisławowi Dziwiszowi. Tej podniosłej chwili towarzyszył śpiew Gaude Mater Polonia. Kopia tego dokumentu została wręczona przez Rektora bp. Kazimierzowi Górnemu dla Instytutu Jana Pawła II w Rzeszowie. Ksiądz Arcybiskup z wielkim wzruszeniem i onieśmieleniem, niejako w duchowej obecności Jana Pawła II i w jego imieniu przyjął zaszczytny tytuł - najwyższe odznaczenie uniwersyteckie. W swoim przemówieniu wyraził przede wszystkim wdzięczność za to, co się dokonało, przywołał słowa Jana Pawła II do uniwersytetów, chcąc ukazać, jak wielkim szacunkiem i miłością darzył Ojciec Święty świat nauki i kultury. Parafrazując, powiedział: „Uniwersytet Rzeszowski mimo swej młodości zakorzenia się w całej historii polskiej nauki”. Kończąc, podziękował za zaszczytne przyznanie tytułu doktora honoris causa Janowi Pawłowi II, którego całe życie było świadectwem przymierza rozumu, wiary i świętości.
Po koncercie chóru głos zabrał bp Kazimierz Górny, który w swoim przemówieniu wyraził wdzięczność wszystkim obecnym za podjętą decyzję wręczenia Ojcu Świętemu tytułu doktora honoris causa i za zorganizowanie uroczystości.
Uroczystość zakończyła się poświęceniem tablicy pamiątkowej dedykowanej Janowi Pawłowi II oraz obejrzeniem wystaw przygotowanych w holu i bibliotece uczelni. Całość uświetnił swoim śpiewem chór akademicki pod dyrekcją prof. Marty Wierzbieniec.