W homilii Ojciec Święty nawiązał do oczytanego wcześniej fragmentu Ewangelii św. Jana (8, 1-11) opisującego spotkanie Pana Jezusa z kobietą cudzołożną. Zauważył, że kiedy odeszli jej oskarżyciele, pozostał tylko Jezus, bo dla niego ważniejszy od grzechu jest grzesznik. W sercu Boga jesteśmy ważniejsi niż błędy, reguły, osądy i nasze upadki. „Prośmy o chrześcijańskie ujęcie życia, gdzie przed grzechem widzimy z miłością grzesznika, przed błędem człowieka błądzącego, osobę przed jej historią” – stwierdził Franciszek.

Papież zaznaczył, że Bóg w Jezusie przyszedł aby swe Prawo wypisać na naszych sercach i uwolnić nas od zła, ale trzeba uczynić dla Niego miejsce. Pan przebacza i uzdrawia przede wszystkim poprzez sakrament pojednania. „Spowiedź jest przejściem od nędzy do miłosierdzia, jest pismem Boga na sercu. Odczytujemy tam za każdym razem, że jesteśmy cenni w oczach Boga, że On jest Ojcem i kocha nas bardziej, niż my miłujemy samych siebie” – podkreślił Ojciec Święty.

Franciszek wskazał, że przebaczenie daje nam nowy początek, czyni nas nowymi stworzeniami, sprawia, że namacalnie dotykamy nowego życia. „Otrzymanie przebaczenia grzechów za pośrednictwem kapłana jest doświadczeniem nieustannie nowym, oryginalnym i niepowtarzalnym. Sprawia, że przechodzimy od bycia samotnymi z naszymi nędzami i oskarżycielami, jak kobieta z Ewangelii, do bycia pocieszonymi i wspieranymi przez Pana, który sprawia, że zaczynamy od nowa” – powiedział papież.

Ojciec Święty zachęcił byśmy pamiętali o Bożym miłosierdziu, łasce przebaczenia grzechów, zasmakowali na nowo doświadczonego pokoju i wolności. „To jest bowiem istotą spowiedzi: nie wyznane przez nas grzechy, ale Boża miłość, którą otrzymujemy i której zawsze potrzebujemy” – stwierdził Franciszek. Przyznał, że walka wewnętrzna jest trudna. Ale Pan Jezus wie, że jesteśmy słabi i skłonni do upadku, często powracamy do czynienia zła. „I proponuje nam, abyśmy powracali na nowo do czynienia dobra, prosząc o miłosierdzie. To On nas podniesie i uczyni nowymi stworzeniami. Powróćmy do spowiedzi, przywróćmy temu sakramentowi miejsce, na jakie zasługuje w życiu i w duszpasterstwie!” – zaapelował papież.

Po homilii nastąpił czas ciszy, przeznaczony na osobisty rachunek sumienia uczestników nabożeństwa, po czym rozpoczęła się spowiedź. Jako pierwszy do konfesjonału poszedł papież i wyspowiadał się u jednego z penitencjarzy bazyliki św. Piotra. Następnie sam zasiadł w innym konfesjonale i przez niemal godzinę spowiadał penitentów. W tym samym czasie inni księża, w tym biskupi, wyspowiadali kilkaset kolejnych osób. W trakcie spowiedzi indywidualnej chór śpiewał pieśni religijne, czytano fragmenty Pisma Świętego i pism Ojców Kościoła, a także odmawiano modlitwy.

Po zakończeniu spowiedzi, jako pieśń dziękczynna zabrzmiał kanon z Taizé „Misericordias Domini in aeternum cantabo” (Na wieki będę opiewał miłosierdzie Pana). Na zakończenie Franciszek udzielił zgromadzonym błogosławieństwa, po czym odśpiewano antyfonę maryjną „Salve, Mater misericordiae” (Bądź pozdrowiona, Matko miłosierdzia).