Pierwotna nazwa miejscowości brzmiała: Prostynia. Pierwsza historyczna wzmianka o Prostyni z 1344 r. mówi o postawieniu tutaj świątyni. Kaplica ta była początkowo filią duszpasterską parafii Zuzela lub Brok, a po zmianie koryta Bugu - Kosowa Lackiego. Właścicielami Prostyni w XV w. byli: Świejko (1432), Jakub z Prostyni (1438-1451), Andrzej i Piotr z Prostyni (1476-1477). Ich potomkowie przyjęli nazwisko - Prostyńscy h. Półkozic.
Kolejna świątynia pw. Trójcy Przenajświętszej została ufundowana w 1511 r. przez miejscowych dziedziców: Bohdana, Mikołaja, Macieja i Michała - synów Andrzeja Prostyńskiego. Parafia otrzymała od fundatorów pół wsi Złotki, po półtorej włóki w każdym polu, po półtorej włóki w łąkach, prawo mlewu, połowu ryb i wyrębu w lasach. Samodzielną parafię erygował 15 czerwca 1511 r.
Paweł Algimunt - książę Holszański (1485-1555), biskup łucki (1507-1536). Pierwszym plebanem prostyńskim został ks. Maciej Dobratycki, kanonik wileński (1511-1544).
Według dokumentów Synodu Diecezjalnego Łuckiego (26-28 lutego 1589 r.) - w 1510 r. św. Anna objawiła się Małgorzacie, żonie Błażeja i poleciła, aby na wzgórzu w Prostyni wybudowano kościół pw. Trójcy Przenajświętszej. Na dowód prawdziwości objawienia pozostawiła 3 wianki ze sobą złączone na znak Trójcy Świętej i jeden na swoją pamiątkę. Przez dotknięcie wianków, które pozostawiła św. Anna, wielu ludzi zostało cudownie uzdrowionych. W 1514 r. wianki te zostały złożone w skromnej koronie ze srebrnej blachy. O tym objawieniu wspominają również dokumenty synodu łuckiego z 1589 r. Od tego czasu istnieje tradycja błogosławienia wiernych przez nakładanie korony na głowę, zwana koronacją.
Tradycja ustna podaje, iż miało też miejsce drugie objawienie. Tym razem św. Anna ukazała się jako zakonnica pewnemu rolnikowi ze Złotek i prosiła, aby zawiózł ją do Prostyni. Ku wielkiemu przerażeniu woźnicy woły popędziły przez bagna. Kiedy bezpiecznie dotarli do Prostyni, zakonnica powiedziała: „Jestem święta Anna. Idę oddać cześć Trójcy Świętej”. Weszła na wzgórze, uklękła i rozłożyła ręce jak do modlitwy. Dziś stoi tutaj kapliczka św. Anny, postawiona w 1835 r.
Na pamiątkę tych wydarzeń w 1511 r. postawiono w Prostyni kościół ku czci św. Anny. Jednak w czasie przemarszu wojsk szwedzkich króla Karola X Gustawa (1622-1660) w kwietniu 1657 r. został on spalony razem z zamordowanym ks. wikariuszem Marcjanem Rybińskim. Na jego miejscu postawiono w 1750 r. kolejny, który przetrwał do XIX w. Z racji na słaby stan w 1879 r. został on rozebrany, a na jego miejscu założono cmentarz.
W 1799 r. rozebrano stary kościół pw. Trójcy Przenajświętszej (z 1511 r.), a rolę świątyni parafialnej przejął kościół św. Anny. Kolejny parafialny kościół został postawiony w latach 1802-1812, staraniem ks. Pawła Lange (1767-1819), proboszcza prostyńskiego (1798-1819) Tuż po zakończeniu budowy 12 maja 1812 r. spłonął on od uderzenia pioruna. Jego budowniczymi byli murarze: Jasiński i Michałowski. Ta murowana świątynia została odbudowana w latach 1858-1860, a w 1877 r. powiększona o dwie wieże staraniem ks. Franciszka Andrzeja Pogorzelskiego (1811-1883), ówczesnego proboszcza (1856-1879). W 1944 r. wycofujące się wojska niemieckie wysadziły świątynię w powietrze.
Obecny kościół parafialny został wybudowany w latach 1946-54 staraniem ks. prał. Józefa Rucińskiego (1901-1982), proboszcza prostyńskiego (1945-1976). Jego projekt był wzorowany na planach świątyni Opatrzności Bożej w Warszawie, sporządzonych przez arch. Bohdana Pniewskiego (1897-1965). Ignacy Świrski (1885-1968), biskup siedlecki, czyli podlaski (1946-1968), poświęcił nową świątynię w 1954 r. - w uroczystość odpustową ku czci Trójcy Przenajświętszej. Konsekracji kościoła dokonał Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński, 11 czerwca 1995 r., w obecności ks. kan. Mariana Gorgola (1932-95), ówczesnego proboszcza prostyńskiego (1986-95).
Mówiąc o prostyńskim sanktuarium, warto zaznaczyć, że w ołtarzu głównym znajduje się cudowna statua Trójcy Przenajświętszej, mająca duże podobieństwo do późnogotyckich rzeźb Wita Stwosza (ok. 1447-1553). Ukazuje ona Trójcę Świętą w postaci tzw. Tronu Łaski, na którym siedzi Bóg Ojciec, trzymający ukrzyżowanego Jezusa Chrystusa, z widniejącą nad Nim gołębicą, znakiem Ducha Świętego. Przypuszczalnie statua została podarowana przez bp. Pawła Algimunta, biskupa diecezji łuckiej w latach 1507-1536, do której należała wówczas Prostyń. Ludowe podanie głosi, że statuę przyniosły wody płynącej w pobliżu rzeki Bug. Koronę i cudowną statuę przed zniszczeniem w czasie zburzenia kościoła w 1944 r. uratował ks. Ludwik Warpechowski (1887-1968), ówczesny wikariusz prostyński (1943-45).
Na terenie parafii znajdują się: były obóz pracy dla Polaków - Treblinka I, w którym zginęło ok. 7 tys. osób oraz były obóz zagłady - Treblinka II, gdzie hitlerowcy w latach okupacji zamordowali ok. 800 tys. ludzi, głównie Żydów.
Kościół parafialny w Prostyni stanowi sanktuarium Trójcy Przenajświętszej w naszej diecezji, do którego od wieków przybywa wielu pielgrzymów. Dużym zainteresowaniem wśród nich cieszy się tzw. koza prostyńska wykonana z ciasta. Ludowe podanie głosi, że ten zwyczaj nawiązuje do wydarzenia sprzed wieków, kiedy kozy dały znać ludziom o pojawieniu się cudownej statui na brzegu rzeki. Wydaje się, że zwyczaj wypiekania „prostyńskich kóz” jest echem transportu statui drogą wodną, bądź też prześladowań unitów podlaskich po upadku powstania styczniowego, którzy, by móc przystąpić do sakramentów świętych, przybywali na odpust w Prostyni jako handlarze kóz - dla zmylenia carskich urzędników.
Warto jeszcze dodać, że z parafią prostyńską związany jest także kard. Stefan Wyszyński (1901-81), Prymas Polski (1948-81). Jego ojciec Stanisław Wyszyński był organistą w kościele prostyńskim, gdzie też 4 maja 1899 r. zawarł związek małżeński z Joanną Karp, córką Adama i Anieli z Giziewiczów. Znane jest powiedzenie Prymasa Tysiąclecia: „Jeśli chcesz doznać łaski, jedź do Prostyni”.
Na cmentarzu przykościelnym znajduje się murowana dzwonnica z 3 bramami arkadowymi, zbudowana ok. 1880 r., staraniem ks. Leona Przesmyckiego (1835-90), ówczesnego proboszcza (1879-90).
Obok kościoła stoi piętrowa plebania zbudowana w latach 1974-77, staraniem wspomnianego ks. Józefa Rucińskiego oraz ks. Romualda Michalczyka (proboszcz w latach 1976-1986).

Kaplice:
Rytele Święckie - kaplica dojazdowa murowana pw. Matki Bożej Częstochowski, zbudowana w latach 1981-1983 staraniem ks. Romualda Michalczyka. Jej poświęcenia dokonał 2 października 1983 r. Jan Mazur, biskup siedlecki, czyli podlaski (1968-1996).
Wólka Okrąglik - kaplica dojazdowa murowana pw. 108 Błogosławionych Męczenników Polskich, zbudowana w latach 2001-2004 według projektu inż. arch. Wandy Jeleniewicz-Ciechanowskiej i inż. Wandy Szymańskiej-Jóźwiak, staraniem ks. kan. Krzysztofa Maksimiuka, proboszcza prostyńskiego. Projekt wystroju wnętrza wykonał inż. Witold Żyngiel z Torunia. Poświęcenia kaplicy 10 października 2004 r. dokonał bp Antoni P. Dydycz.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 11.00, 16.00 (wakacje - 17.00)
- kaplica w Rytelach Święckich: 14.00
- kaplica w Wólce Okrąglik: 7.45
- w święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 9.00, 16.00 (wakacje - 17.00).
- kaplica w Rytelach Święckich: 14.00
- kaplica w Wólce Okrąglik: 7.45

Odpusty w parafii:
Uroczystość Trójcy Przenajświętszej; św. Anny

Nabożeństwo adoracyjne: od nieszporów w piątek przed uroczystością Trójcy Przenajświętszej do Mszy św. o godz. 12.00 w dzień następny

Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1620 r. (brak 1813; 1815-1851)
Księgi Małżeństw: od 1826 r. (brak 1851-1876)
Księgi Zmarłych: od 1810 r. (brak 1815-1825; 1852-1872; 1895-1924)

Bibliografia:
Archiwum Diecezjalne w Drohiczynie. III /Q/1. Akta parafii Prostyń 1796-1982; /Q/2. Akta parafii Prostyń 1919-1965; III /Q/3. Akta parafii Prostyń 1984-1986; P. Aleksandrowicz, Diecezja siedlecka czyli podlaska, Sadowne 1956; T. Borowy, Prostyń. Cudowne ocalenie Statuy Trójcy Przenajświętszej, Niedziela Podlaska 40 (1997) 41/146, s. II; I. Galicka, H. Sygietyńska, Województwo Warszawskie. Powiat Węgrowski (Katalog Zabytków Sztuki w Polsce t. X z. 26), Warszawa 1962; K. Maksimiuk, Sanktuarium Trójcy Przenajświętszej w Prostyni, Niedziela Podlaska 44 (2001) 25/340, s. II; T. Małkiński, Cuda w Prostyni, Niedziela Podlaska 40 (1997) 4/109, s. III; E. Rychlik, Prostyń. Włoskie i polskie sanktuarium, Niedziela Podlaska 40 (1997) 28/133, s. III: P. Rytel-Andrianik, Sanktuarium Trójcy Przenajświętszej i św. Anny w Prostyni (1510-1998), Warszawa 2001 (mps); B. Turski, Pamiątka z Prostyni, Siedlce 1932; S. Ulaczyk (oprac.), Rocznik Diecezji Drohiczyńskiej. Spis parafii i duchowieństwa 1999, Drohiczyn 1999.