Według starej tradycji przekazanej przez Ignacego Wawrzyńca H. Kapicę Milewskiego (1763-1817), rejenta grodzkiego brańskiego, pierwsza świątynia w Bielsku zwanym też Bielsko została wzniesiona przez króla Władysława II Jagiełłę (ok. 1362-1434) - po chrzcie Litwy w 1386 r. Kościół parafialny pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny, św. Mikołaja i Trzech Króli został ufundowany z pewnością w 1430 r. przez Witolda Aleksandra (ok. 1348-1430), wielkiego księcia litewskiego (1413-1430). W tym roku wielki książę nadał niejakiemu Andrzejowi wójtostwo w Bielsku, z poleceniem osadzania w mieście katolików: Polaków i Niemców.
W 1446 r. Kazimierz IV Jagiellończyk (1427-1492) nadał ks. Hieronimowi, proboszczowi bielskiemu dwóch włościan i daninę miodową. W 1457 r. proboszczem w Bielsku był ks. Chwalisław; w latach 1470-1473 r. ks. Klemens, a w 1474 ks. Maciej wzmiankowany w latach 1474-1498, który zbudował w 1492 r. okazały drewniany kościół w stylu bazylikowym. Na jego prośbę wielki książę litewski Aleksander Jagiellończyk (1461-1506) w 1493 r. potwierdził i powiększył witoldowe uposażenie, a w dwa lata później nadał miastu prawo miejskie magdeburskie (1495). Dawne nadania potwierdzali później: we wtorek po św. Łucji 1512 r. - król Zygmunt I Stary (1467-1548) oraz w 1535 r. jego żona królowa Bona Sforza d’Aragona (1494-1557). Dzięki jej fundacji w 1535 r. kościół został odrestaurowany i podniesiony do godności prepozytury przez ks. Pawła Algimunta księcia Holszańskiego (1485-1555), biskupa łuckiego (1507-1536). Od 1604 r. Bielsk Podlaski stał się siedzibą dekanatu.
W latach „potopu szwedzkiego” (1650-1660) kościół został ograbiony i zdewastowany przez wojska kozackie i Jerzego Rakoczego II (1621-1660), księcia siedmiogrodzkiego (1648-1658). W 1674 r. na miejscu dotychczasowej świątyni wzniesiono nową, kosztem ks. prał. Jana Małachowskiego h. Nałęcz (1623-1699), prepozyta bielskiego (1666-1676), późniejszego biskupa chełmskiego (1676-1681) i krakowskiego (1681-1699). Na prośbę ks. kan. Mikołaja Tomisławskiego, prepozyta bielskiego (1688-1715), nową świątynię konsekrował 28 marca 1688 r. Mikołaj Popławski h. Trzaska (1636-1711), biskup inflancki (1685-1711).
W latach 1783-1784 r. zbudowano istniejący do dzisiaj murowany kościół, staraniem i kosztem siostry ostatniego króla Polski - Izabeli Branickiej z Poniatowskich zwanej „Panią Krakowską” (1730-1808), żony Jana Klemensa Branickiego (1689-1771) z Białegostoku. Projektantem tej neoklasycystycznej świątyni był warszawski architekt Szymon Bogumił Zug (1733-1807), a kierownikiem budowy Jan Andrzej Zschernig (Czernisz). Fundamenty do nowej świątyni zaczęto zakładać 23 kwietnia 1783 r. Drewno ofiarował z lasów królewskich Stanisław August Poniatowski, król polski (1764-1795). Konsekracji dokonał 9 października 1796 r. ówczesny proboszcz bielskiej prepozytury (1756-1797) ks. Jan Szyjkowski (1721-1797), biskup tytularny Sinope (13 listopada 1775), sufragan diecezji łucko-brzeskiej (1775-1797).
W 1816 r. staraniem ks. Mikołaja Andruszkiewicza, administratora bielskiego (1815-1816), zostały wstawione do kościoła organy, które wykonał warszawski organmistrz Dominik Pilichowski. W 1902 r. staraniem ks. Adolfa Bilmina (1865-1904), proboszcza bielskiego (1899-1904) na ich miejsce wstawiono nowe (służą do dzisiaj), które wykonał organmistrz Piotr Wojciechowicz z Wilna. W 1912 r., za czasów ks. Jana Nieczyporowicza (1877-1919), proboszcza bielskiego (1911-1919), sklepienie świątyni ozdobiono polichromią przedstawiającą Dwunastu Apostołów oraz położono posadzkę z terakoty.
W czasie działań wojennych w 1944 r. kościół został częściowo uszkodzony (rozbita ściana boczna, szyby, dach, zniszczony ołtarz i obraz św. Mikołaja). Konieczne remonty przeprowadzili: ks. Michał Sokołowski (1910-1980), ówczesny proboszcz (1943-1946) i ks. prał. Bronisław Kiełbassa (1883-1961), proboszcz i dziekan bielski (1946-1961). W 1988 r. kolejne poważne remonty podjął ks. mgr Antoni Zajączkowski (1944-1990), proboszcz parafii farnej (1987-90), które - po jego nagłej śmierci - kontynuował ks. prał. dr Ludwik Olszewski.
W 1996 r. parafia obchodziła jubileusz 200-lecia konsekracji kościoła. Z tej okazji Ojciec Święty Jan Paweł II - na prośbę bp. Antoniego P. Dydycza, biskupa drohiczyńskiego - wyniósł 28 sierpnia tegoż roku bielską świątynię do godności bazyliki mniejszej.
Szczególnym wydarzeniem w życiu parafii było wyniesienie na ołtarze ks. kan. Antoniego Beszty-Borowskiego (1880-1943), proboszcza i dziekana bielskiego (1927-1943), który z grupą 50 bielszczan został bestialsko zamordowany przez Niemców w Lesie Pilickim, 15 lipca 1943 r. Ojciec Święty Jan Paweł II, w czasie pielgrzymki do Ojczyzny, 13 czerwca 1999 r. w Warszawie, zaliczył go do grona błogosławionych wśród 108 polskich męczenników II wojny światowej. W rok po beatyfikacji, 15 lipca 2000 r. doczesne szczątki Błogosławionego zostały uroczyście przeniesione z parafialnego cmentarza i złożone w relikwiarzu - trumience, która znajduje się w podstawie ołtarza bocznego Matki Bożej Różańcowej, w bazylice mniejszej w Bielsku Podlaskim.
Na placu przykościelnym stoi murowana, dwukondygnacyjna dzwonnica zbudowana w 1843 r. w stylu klasycystycznym, staraniem ks. Jana Izbickiego (ur. 7 lutego 1793), proboszcza bielskiego (1828-1850).
Po drugiej stronie ulicy stoi nowa, murowana plebania, zbudowana w latach 1981-1986, staraniem ks. mgr. Tadeusza Tararuja (1919-1987), proboszcza bielskiego (1970-1987) oraz ks. Jana Koca, ówczesnego wikariusza (1975-1987), a następnie administratora tejże parafii (1987). W jej pobliżu znajduje się zabytkowa drewniana plebania, zbudowana w latach 1900-1903 staraniem wspomnianego ks. Adolfa Bilmina, która w latach 2000-2003 została odrestaurowana przez ks. prał. dr. Ludwika Olszewskiego i przeznaczona na Dom Pamięci Bł. Ks. Antoniego Beszty-Borowskiego. W głębi posesji tuż przy ulicy stoi jeszcze jeden dom parafialny z 1909 r., w którym, po gruntownym remoncie w latach 1999-2000 przeprowadzonym przez wspomnianego ks. Ludwika Olszewskiego, mieści się obecnie Parafialny Oddział Caritas i Księgarnia Błogosławionego Antoniego.

Porządek Mszy św.
niedziele i święta:
- kościół parafialny:
7.30, 9.00, 10.15, 12.00, 18.00
w święta nie będące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny:
7.00, 9.00, 10.15, 16.30, 18.00
Odpusty w parafii: Narodzenia Najświętszej Maryi Panny - 8 września, św. Mikołaja - 6 grudnia
Nabożeństwo adoracyjne:
8-10 września
Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1919 r.
Księgi Małżeństw: od 1919 r.
Księgi Zmarłych: od 1919 r.