Ważne miejsce w religijnym wychowaniu dzieci i młodzieży zajmowała świątynia parafialna. Tam też młodzi ludzie uczestniczyli w nabożeństwach i innych praktykach religijnych. Okazję do pogłębienia życia duchowego dawały misje ludowe, a także organizowane co roku dla uczniów rekolekcje wielkopostne. Sprawne ich przeprowadzenie zależało w dużej mierze od współpracy katechetów z dyrekcją i pracownikami szkoły. Kapłani dążyli więc „do tego, aby także wszyscy nauczyciele i nauczycielki wspólnie z młodzieżą nie tylko brali udział w rekolekcjach tj. w naukach głoszonych, ale także przystępowali po ukończeniu rekolekcyj do spowiedzi św. i Komunii św. i tak okazali, że są prawdziwymi wychowawcami młodzieży”. Również przynależność do bractw i stowarzyszeń religijnych stwarzała możliwość formacji duchowej. Dlatego bp Pelczar zachęcał uczniów do wstępowania w szeregi organizacji kościelnych, a szczególnie do Sodalicji Mariańskiej.
Ważnym ogniwem w kształtowaniu charakterów i w przekazywaniu wiedzy młodemu pokoleniu była polska szkoła. Nie mogło więc w niej zabraknąć miejsca dla wychowania w duchu wartości katolickich. Biskup Pelczar podczas każdej nadarzającej się okazji przypominał, że głównym zadaniem polskiej szkoły było nie tylko kształcenie i przekazywanie wiedzy, ale przede wszystkim wychowanie uczniów w duchu ideałów narodowych i ewangelicznych: „Szkoła ma nie tylko otwierać przed młodzieżą księgę wiedzy ludzkiej, ale także opowiadać jej o Bożych tajemnicach i sprawach, nie tylko darzyć ją światłem prawdy, ale także wyrabiać w niej silne zasady religijne, czysty obyczaj, szlachetny charakter, poczucie obowiązku, zamiłowanie pracy, prawa, ideału i innych dwóch wielkich matek naszych - Kościoła i Ojczyzny; słowem, winna być zarówno mistrzynią młodzieży, jak jej wychowawczynią”.
Ordynariusz Przemyski uważał, że wielkim złem społecznym był analfabetyzm i „ciemnota umysłowa”, ponieważ bardzo często usposabiała do zabobonów, pijaństwa, dzikości obyczajów a w dalszej kolejności prowadziła do nędzy ducha i ciała. Ale jeszcze gorszym niebezpieczeństwem stawała się „oświata bez religii, bez moralności, bez Boga”, ponieważ zachęcała do odrzucenia zasad moralnych i wiodła „prostą drogą do przewrotów społecznych”. O sprowadzanie takich zagrożeń oskarżał bp Pelczar organizacje masońskie i socjalistyczne, które po dojściu do władzy usuwały imię Boga i religię ze szkół. A przecież za oświatą odcinającą się od wartości katolickich „idzie bezbożność, anarchia, zepsucie i zdziczenie społeczeństwa”, dlatego „biada byłoby ludzkości, gdyby poszła za tymi mistrzami”.
Mając na uwadze pilne potrzeby wychowawcze, dotyczące dzieci i młodzieży bp Pelczar apelował o zakładanie burs, schronisk, instytutów wychowawczych i poprawczych dla ubogiej oraz zaniedbanej dziatwy, a także zachęcał do opieki nad sierotami, chorymi i opuszczonymi. Zadanie to powierzył m.in. założonemu przez siebie w 1906 r. Związkowi Katolicko-Społecznemu. Pasterz diecezji wspierał też materialnie zakład wychowawczy prowadzony w Miejscu Piastowym przez ks. B. Markiewicza.
Podsumowując należy stwierdzić, że według bp. J. S. Pelczara, miejscem formacji młodego pokolenia powinny być przede wszystkim polskie domy rodzinne, świątynie i szkoły, a odpowiedzialność za tę niezmiernie ważną pracę ponoszą wspólnie rodzina, Kościół i państwo. Ordynariusz diecezji pragnął, by z polskich domów i szkół wychodziła młodzież zdrowa na duszy i na ciele, pełna wiary, cnoty, wiedzy i hartu. Ona w przyszłości miała godnie zastąpić starsze pokolenie, przejmując z jego barków ciężkie brzemię obowiązków, trudów i cierpień. Biskup zachęcał wszystkie stany społeczne do podjęcia wysiłku, zmierzającego do wychowania młodzieży w duchu wartości religijnych i patriotycznych. Dzięki temu poświęceniu młode pokolenie, wykształcone, a także ubogacone wartościami patriotycznymi i religijnymi, będzie kamieniem węgielnym położonym pod podwaliny niepodległej Ojczyzny.