Przełom nastąpił 2 czerwca 1997 r., w dniu wizyty w Gorzowie św. Jana Pawła II. W homilii podczas Liturgii Słowa przywołał on postać bp. Wilhelma, a po nabożeństwie udał się do katedry do jego grobu. Wieczorem zaś w rozmowie, w której brali udział biskupi gorzowscy i ks. Mieczysław Marszalik, padło zdanie: „Ojciec Święty rozpoczął właściwie proces beatyfikacyjny”, na co papież odparł: „Kontynuujcie”. Te słowa i wydarzenia stały się bezpośrednią inspiracją do rozpoczęcia przygotowań do procesu beatyfikacyjnego.

Przygotowania

Po okresie przygotowawczym 31 maja 2000 r. bp Adam Dyczkowski ustanowił postulatora procesu beatyfikacyjnego, którym został ks. Andrzej Brenk. W piśmie z 10 czerwca postulator wystosował oficjalną prośbę o rozpoczęcie dochodzenia. Następnie 20 czerwca 2000 r. bp Dyczkowski poprosił biskupów polskich o opinię w tej sprawie. Biskupi zebrani na 307. Zebraniu Plenarnym Konferencji Episkopatu Polski 25 sierpnia 2000 r. w Częstochowie wyrazili pozytywną opinię o duszpasterskiej stosowności rozpoczęcia procesu beatyfikacyjnego, co potwierdził Prymas Polski kard. Józef Glemp w liście do bp. Dyczkowskiego z 30 sierpnia 2000 r. Listem z 28 września 2001 r. bp Adam Dyczkowski zwrócił się do watykańskiej Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych z prośbą o nihil obstat, jednocześnie informując o tym listem z 2 października 2001 r. św. Jana Pawła II, jako że jego słowa stały się inspiracją do rozpoczęcia prac procesowych. Stolica Apostolska szybko, bo już 3 listopada 2001 r. odpisała, że nic nie stoi na przeszkodzie, by proces rozpocząć.

Początek

Wreszcie 21 stycznia 2002 r. rozpoczął się proces beatyfikacyjny na szczeblu diecezjalnym, a konkretnie – dochodzenie na temat życia, heroiczności cnót i sławy świętości i znaków sługi Bożego. 20 lutego rozpoczęły się przesłuchania świadków.

Dochodzenie rozpoczął trybunał mianowany 15 stycznia 2002 r. w składzie: bp Edward Dajczak – delegat biskupi, ks. Piotr Kubiak – promotor sprawiedliwości, ks. Zbigniew Kobus – notariusz aktuariusz i ks. Stanisław Gręś – notariusz pomocniczy. 13 listopada 2002 r. bp. Edwarda Dajczaka na urzędzie delegata biskupiego zastąpił ks. Grzegorz Cyran. Komisję historyczną w procesie stanowili: ks. Józef Swastek – przewodniczący, ks. Dariusz Śmierzchalski-Wachocz, ks. Stanisław Jaworecki, ks. Władysław Kulka, później dołączyli do niej ks. Mariusz Kołodziej i ks. Maciej Kubala.

W międzyczasie nastąpiła zmiana na urzędzie biskupa diecezjalnego. Nowy rządca diecezji zielonogórsko-gorzowskiej bp Stefan Regmunt kontynuował prace procesowe. Dekretem z 7 stycznia 2011 r. mianował nowego postulatora, którym został ks. Dariusz Gronowski. Dekretami z 17 września 2012 r. zmienił także notariuszy, mianując na to stanowisko ks. Tomasza Trębacza i ks. Andrzeja Sapiehę.

Prace

W ramach dochodzenia odbyło się 60 sesji Trybunału, który przesłuchał 49 świadków: 45 wskazanych przez postulatora i 4 z urzędu, do tego należy doliczyć 6 członków komisji historycznej. Komisja historyczna prowadziła poszukiwania w ponad 40 archiwach i innych miejscach, gdzie mogły znajdować się dokumenty dotyczące sługi Bożego. Akta dochodzenia liczą 4629 stron tekstu podstawowego i dodatkowo kilka tysięcy stron pism sługi Bożego. Wreszcie 9 września 2015 r. dochodzenie diecezjalne zostało oficjalnie zamknięte na uroczystej sesji w Instytucie Biskupa Wilhelma Pluty w Gorzowie.

13 października 2015 r. akta zostały dostarczone do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie. Towarzyszyła temu wydarzeniu mała pielgrzymka diecezjalna. Już następnego dnia Kongregacja zatwierdziła nominację ks. Dariusza Gronowskiego na postulatora rzymskiego procesu beatyfikacyjnego. Na prośbę postulatora 24 października Kongregacja wydała reskrypt pozwalający na otwarcie plików procesu, a data otwarcia została wyznaczona na 12 stycznia 2016 r.

Po dokładnym sprawdzeniu,

15 kwietnia 2016 r. został wydany przez Kongregację dekret potwierdzający ważność dochodzenia diecezjalnego. 21 października 2016 r. o. Zdzisław Kijas OFMConv został mianowany relatorem sprawy. Od tego momentu pod jego kierunkiem powstaje Positio, czyli księga zbierająca najważniejsze elementy materiału dowodowego.